Tyrimų objektai
Mūsų laboratorijoje tyriami baltymai, kurie sudaro amiloidines fibriles arba lašelius.
- Amiloidinės fibrilės yra baltymų agregatai turintys ypatingai tvarkingą beta-klosčių struktūrą, kurie randami įvairių neurodegeneracinių ir kai kuries atvejais širides ligų metu.
- Baltyminiai lašeliai susidaro skysčių fazių atskyrimo metu – fenomenas, kuris atsitinka ląstelės viduje ir gali inicijuoti baltymų agregaciją arba siejamas su tam tikrų baltymų funkcijomis.
Mūsų laboratorijoje turime patirties su šiais baltymais:
- Alzheimerio liga: Amiloido-beta peptidas, S100 baltymų šeima, Tau baltymas.
- Parkinsono liga: Alfa-sinukleinas.
- Kempinligė: Prioniniai baltymai.
- Amiotrofinė lateralinė sklerozė: Žmogaus superoksido dismutazė SOD1.
- Kitos amiloidozės: ß2-mikroglobulinas, transtiretinas
- Modeliniai baltymai: Insulinas, vištos kiaušinio lizocimas.
- Bakterijų ir mielių baltymai: CsgABC, Sup35, Ure2.
- Baltyminiai šaperonai ir reguliaciniai baltymai: 14-3-3, Hsp, DegP.
Metodika
- Genų inžinerija;
- Baltymų ir nukleorūgščių elektroforezė;
- Rekombinantinių baltymų sintezės bakterijose metodai;
- Įvairūs chromatografiniai metodai (pvz.: jonų mainų chromatografija, giminingumo chromatografija, gelfiltracija, aukšto efektyvumo skysčių chromatografija (HPLC)) skirti gryninti baltymus ir kitas molekules;
- Amiloidinių baltymų agregacijos proceso sekimas matuojant tirpalo absorbciją, dinaminę šviesos sklaidą ar amiloidams specifinių dažų fluorescencijos emisijos intensyvumą, bei kinetikos duomenų analizė panaudojant cheminės kinetikos įrankius;
- Antrinės amiloidinių baltymų bei jų agregatų struktūros nustatymas infraraudonųjų spindulių spektroskopijos metodu;
- Amiloidinių agregatų morfologijos ir fizinių parametrų (ilgio, aukščio, pločio, periodiškumo) nustatymas atominės jėgos mikroskopu;
- Baltymų molekulinės masės nustatymas masių spektrometru;
- Amiloidinių baltymų agregacijos proceso modeliavimas panaudojant bioinformatikos įrankius tokius kaip rModeler ar AmyloFit.